• 我校信息學院俞容山教授指導團隊斬獲DREAM Challenge Tumor Deconvolution比賽兩項第一

    發表時間:2020-11-13瀏覽次數:10

     


    近日,國際計算生物醫學領域最具影響力之一的算法挑戰賽——DREAM ChallengeTumor Deconvolution賽事結束,該賽事吸引了眾多來自全世界頂級高校及公司研究團隊,包括美國哈佛大學醫學院、密歇根州立大學、印第安納大學、德國弗蘭科夫細胞與免疫研究所(Fraunhofer IZI)、意大利Biogem Institute、貝斯以色列女執事醫療中心、瑞士洛桑大學、劍橋大學英國國家腫瘤中心等。來自廈門大學信息學院、廈門大學健康醫療大數據國家研究院、廈門極元科技公司和廈門艾德生物聯合組成的Aginome-XMU團隊從全球的41支參賽隊伍中脫穎而出,獲得了全部挑戰項目的第一名。

    Aginome-XMU團隊由信息學院俞容山教授,廈門極元科技楊文嫻指導,主要成員包括信息學院碩士研究生李豪鈞、林雅婷,主要負責算法開發與實驗,廈門大學健康醫療大數據國家研究院科研博士生肖旭負責單細胞RNA-seq數據注釋和結果統計分析。團隊成員主要從事計算機與生物的交叉學科——計算生物學方向的研究。在此次比賽中,Aginome-XMU團隊利用計算機混合模擬異質樣本的表達譜,搭建人工智能模型實現表達譜到細胞豐度的映射,最終提供免疫微環境中814種粗類到細類的免疫和基質細胞的豐度估計。最終,團隊提交的細胞豐度估計模型取得了優于所有其他團隊提交的模型的性能,勇奪第一。


     https://www.synapse.org/#!Synapse:syn15589870/wiki/606797

     

    DREAM Challenge是生物醫藥領域最具影響力的開放數據建模旗艦競賽,旨在通過算法解決當前熱點的生物學問題。該賽事根據當下熱點的研究問題發起挑戰項目,由組織方提供測試數據,并設計不同的任務主題供參賽者進行建模預測,根據預測結果決定優勝者。其第三方驗證的特性保證了算法的可重復性,使得算法能得到最有效的驗證,從而在推動在該研究領域的進展。目前該賽事已經完成了50多項挑戰,產生了近百個出版物。

    Tumor Deconvolution這項挑戰的目的是評估通過計算方法將反映細胞類型混合的異質樣本表達數據分解為單個免疫細胞成分的能力。該賽事由法國居里研究所 (Institut Curie)、法國國家癌癥防治聯盟 (Ligue Nationale contre le Cancer)、俄勒岡健康與科學大學(Oregon Health and Science University)、美國賽智生物網絡研究所 (Sage Bionetworks) 與美國斯坦福大學共同主辦。其兩個子挑戰分別為估計8種粗類的細胞類型和14種細類的細胞類型的豐度。


      


    該研究能夠掌握腫瘤微環境的免疫細胞豐度變化,為免疫應答及免疫治療提供精確的輔助參考,從而讓醫生能夠快速的掌握病人腫瘤病變位置的免疫細胞成分變化,為治療與用藥提供數據支持。

    除了 DREAM Challenge, 俞容山教授團隊還參加了 Precision FDA Brain Cancer Predictive Modeling and Biomarker Discovery Challenge 比賽,并獲得第四名的好成績。

    (信息學院投稿)

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